വാസ്തുശാസ്ത്രം അനുസരിച്ച് ഗൃഹനിർമ്മാണം നടത്തുമ്പോൾ പലർക്കും പലതരം സംശയങ്ങളാണ്. പൂജാമുറിയുടെ കാര്യത്തിലാകുമ്പോൾ ഈ സംശയം കുറേക്കൂടി ബലപ്പെടും. പൂജാമുറി എവിടെ പണിയണമെന്നുള്ളത് പലപ്പോഴും ആശയക്കുഴപ്പത്തിനും ഇടയാക്കും. വീട്ടിലെ ഏറ്റവും പവിത്രമായ ഇടമാണ് പൂജാമുറി. അതുകൊണ്ടുതന്നെ പൂജാമുറിഒരുക്കുമ്പോൾ വളരെയേറെ ശ്രദ്ധ കൊടുക്കേണ്ടതുണ്ട്.
വീടിന്റെ കിഴക്കുവശത്ത് പടിഞ്ഞാറുമുഖമായോ, പടിഞ്ഞാറുവശത്ത് കിഴക്കുമുഖമായിട്ടോ ആണ് സാധാരണ പൂജാമുറികൾ ഉള്ളത്. നടത്തുന്നത്. പേരില്‍ പൂജാമുറി എന്ന് പറയുന്നുണ്ടെങ്കിലും അത് പ്രാർത്ഥനാ മുറികളാണ്
പലരും സ്ഥലം ലാഭിക്കുന്നതിന് വേണ്ടി സ്റ്റെയർകേസിന് താഴെ പൂജാമുറി പണിയാറുണ്ട്. സ്റ്റെയർകേസിന് താഴെ ചരിഞ്ഞ സ്ഥലമാണെങ്കിൽ പൂജാമുറി ഒഴിവാക്കണമെന്നാണ് ശാസ്ത്രം. ചവിട്ടിക്കയറുന്നതിനാൽ അതിന് താഴെയായി പൂജാമുരി പാടില്ലെന്ന വിശ്വാസവും ഇത് ബലപ്പെടുത്തുന്നു. അഥവാ ചെയ്യണമെന്നുണ്ടെങ്കിൽ പൂജാമുറിക്ക് മുകളിൽ കാലുവരാത്ത വിധം ലിങ്ക് ചെയ്ത് ചെയ്യണം. സ്റ്റെയർകേസിന്റെ പരന്നഭാഗത്ത് അതായത് ലാൻഡിംഗിന്റെ ഭാഗത്ത് വയ്ക്കുന്നത് കൊണ്ട് ദോഷമില്ല. സ്റ്റെയർകേസിന്റെ താഴെ സ്റ്റഡി റൂം നി‌‌‌ർമ്മിക്കുന്നതും നല്ലതല്ല.