ആരോഗ്യത്തിന് വേണ്ടി പ്രോട്ടീൻ ഡ്രിങ്കുകൾ ഉപയോഗിക്കുന്നവർ ശ്രദ്ധിക്കൂ,​ ഇവ ഗുണം നൽകില്ലെന്ന് മാത്രമല്ല,​ ശരീരത്തിന് ഹാനികരവുമാണ്. ചിലതരം പ്രോട്ടീൻ പൗഡറുകളിൽ കെമിക്കലുകൾ അടങ്ങിയിട്ടുള്ളതായും റിപ്പോർട്ടുകളുണ്ട്. സോയാ, മുട്ട, പാൽ എന്നിവയടങ്ങിയ ഡ്രിങ്കുകൾ അലർജിയുണ്ടാക്കും. ഇവയിലുള്ള മിൽക് ഷുഗർ ലാക്ടോസ് ഗ്യാസ് ട്രബിൾ,​ അതിസാരം തുടങ്ങിയവയ്ക്കും കാരണമാക്കുന്നു.

പ്രോട്ടീൻ ഡ്രിങ്കുകളുടെ പതിവായ ഉപയോഗം കിഡ്നിക്കും കരളിനും ഹാനികരമാണ്. വർദ്ധിച്ച ഉപയോഗം അമിതവണ്ണത്തിനും കാരണമാകുന്നു. കൊളസ്‌ട്രോളിന്റെ അളവ് കൂട്ടി ഹൃദയാരോഗ്യവും തകരാറിലാക്കുന്നു. ഹൃദയാഘാതം, സ്‌ട്രോക്ക് എന്നിവയ്‌ക്കും സാദ്ധ്യതയുണ്ട്. തൈറോയ്ഡ് ഭീഷണി ഉയർത്തുന്ന പ്രോട്ടീൻ ഡ്രിങ്കുകളുമുണ്ട്. ഇതിൽ കൂടിയ തോതിൽ അടങ്ങിയിട്ടുള്ള പഞ്ചസാരയും കൃത്രിമ പദാർത്ഥങ്ങളും പലതരം രോഗങ്ങൾ ക്ഷണിച്ചുവരുത്തും. പ്രോട്ടീൻ അടങ്ങിയ ഭക്ഷണം കഴിച്ചു വേണം പോഷകങ്ങളുടെ അപര്യാപ്‌തത പരിഹരിക്കാൻ. മറിച്ച് കുറുക്കുവഴി തേടുന്നത് അപകടമുണ്ടാക്കും.