കണിക്കൊന്ന കേവലം ഒരു അലങ്കാരസസ്യം മാത്രമല്ല. ധാരാളം ആയുർവേദ ഗുണങ്ങളുമുണ്ട്. കണിക്കൊന്നയുടെ കായ്ക്കുള്ളിലെ കാമ്പും പൂവും വേരും പട്ടയുമാണ് ഔഷധയോഗ്യം. ത്വക്ക് രോഗങ്ങൾക്ക് പ്രതിവിധിയാണ് കണിക്കൊന്നയുടെ വേര് ഉപയോഗിച്ചുണ്ടാക്കുന്ന കഷായം. വാതം,​ പിത്തം,​ കഫം എന്നീരോഗങ്ങൾ ശമിപ്പിക്കാൻ കണിക്കൊന്ന ഉപയോഗിക്കുന്നു. വേരും പട്ടയുമിട്ട എണ്ണ കാച്ചി ശരീരത്തിൽ പുരട്ടുന്നതും ഗുണംചെയ്യും.

കണിക്കൊന്നപട്ടയിട്ട് തിളപ്പിക്കുന്ന വെള്ളം ഉപയോഗിച്ച് വ്രണങ്ങൾ കഴുകുന്നത് പെട്ടെന്നുണങ്ങാൻ സഹായിക്കും. ഇതിന്റെ ഇല ഉപയോഗിച്ച് തയ്യാറാക്കുന്ന ലേപനം പുഴുക്കടിയ്ക്ക് പ്രതിവിധിയാണ്. കായ്ക്കുള്ളിലെ കാമ്പ് അരച്ച് പുറമേ പുരട്ടുന്നത് വാതസംബന്ധമായ പ്രശ്നങ്ങൾ ശമിപ്പിക്കും. കായ്ക്കുള്ളിലെ കുരുകളഞ്ഞ മജ്ജ ചേർത്ത് തിളപ്പിച്ച പാൽ ഉദരരോഗങ്ങൾക്ക് പരിഹാരമാണ്. പൂവ് അരച്ച് കഴിക്കുന്നത് പുളിച്ചു തികട്ടൽ അകറ്റും.