അഭയ കേസിൽ പ്രലോഭനങ്ങൾക്കും ഭീഷണിക്കും വഴങ്ങാതെ മനുഷ്യാവകാശ പ്രവർത്തകൻ ജോമോൻ പുത്തൻപുരയ്‌ക്കൽ പോരാട്ടം നയിച്ചത് മൂന്നു പതിറ്റാണ്ടോളമാണ്. ജോമോൻ ഉൾപ്പെടുന്ന ക്‌നാനായ സഭയുടെ പ്രധാനികളായിരുന്നു പ്രതിസ്ഥാനത്ത്. സഭയുടെ പേരു പറഞ്ഞ് കേസിൽ നിന്ന് രക്ഷപ്പെടാൻ അവർ നടത്തിയ ശ്രമം ഫലിച്ചില്ല. സഭാ മേധാവികളുടെ സമ്മർദ്ദവും ജോമോൻ ചെവിക്കൊണ്ടില്ല.
ആത്മഹത്യയാക്കി പൊലീസ് എഴുതിത്തള്ളിയ കേസിനെതിരെ ജോമോൻ കൺവീനറായി ആക്ഷൻ കൗൺസിൽ രൂപീകരിച്ചായിരുന്നു പോരാട്ടത്തിനു തുടക്കം. ലോക്കൽ പൊലീസ് പതിനേഴു ദിവസവും ക്രൈംബ്രാഞ്ച് ഒമ്പതര മാസവും അന്വേഷിച്ച് കേസ് അവസാനിപ്പിച്ചതാണ്. കേസ് അന്വേഷണം സി.ബി.ഐയെ ഏല്‌പിക്കണമെന്ന് അന്നത്തെ മുഖ്യമന്ത്രി കെ.കരുണാകരനെ നേരിൽക്കണ്ട് ജോമോൻ നിവേദനം നൽകി. മൂന്നാം നാൾ അന്വേഷണ ഉത്തരവ്.
തനിക്കു മേൽ മേലുദ്യോഗസ്ഥന്റെ സമ്മർദ്ദമുണ്ടെന്ന വിവരം അന്വേഷണ ഉദ്യോഗസ്ഥനായ വർഗീസ് പി. തോമസ് വെളിപ്പെടുത്തിയത് വിവാദമായി. അഭയ കേസിന്റെ അന്വേഷണ മേൽനോട്ടത്തിൽ നിന്ന് മേലുദ്യോഗസ്ഥനായ ത്യാഗരാജനെ ഒഴിവാക്കണമെന്നു കാണിച്ച് ജോമോൻ ഹൈക്കോടതിയിലെത്തി. അന്ന് എം.പിമാരായിരുന്ന ഒ. രാജഗോപാൽ, ഇ.ബാലാനന്ദൻ, പി.സി. തോമസ് എന്നിവരുമൊത്ത് സി.ബി.ഐ ഡയറക്‌ടറായിരുന്ന കെ. വിജയരാമറാവുവിനെ നേരിൽക്കണ്ട് പരാതി നൽകി. ത്യാഗരാജന് സ്ഥാനചലനം സംഭവിച്ചത് അങ്ങനെ. സി.ബി.ഐ സ്‌പെഷ്യൽ ഡയറക്‌ടർ ആയിരുന്ന എം.എൽ. ശർമ്മയുടെ നേതൃത്തിലായി പിന്നീട് അന്വേഷണം. എന്നിട്ടും കേസിന് തുമ്പുണ്ടാക്കാനാകാതെ അന്വേഷണം അവസാനിപ്പിക്കാൻ സി.ബി.ഐ എറണാകുളം സി.ജെ.എം കോടതിയുടെ അനുമതി തേടി. എതിർത്തുകൊണ്ട് ജോമോനും ഹർജി നൽകി. മൂന്നു തവണ കേസ് അവസാനിപ്പിക്കാൻ സി.ബി.ഐ അനുമതി തേടിയപ്പോഴെല്ലാം അന്വേഷണത്തിന് അഭയമായി നിന്നത് ജോമോൻ തന്നെ.