വൈശാഖ മഹോത്സവുമായി ബന്ധപ്പെട്ടാണ് മലയാളികളുടെ മനസിൽ കൊട്ടിയൂരിന് സ്ഥാനം. കണ്ണൂർ ജില്ലയിലെ ഈ പ്രധാനപ്പെട്ട ക്ഷേത്രത്തിൽ ഉത്സവകാലത്ത് പല ദേശങ്ങളിൽ നിന്നായി നിരവധി പേരാണ് എത്തുന്നത്. കൊട്ടിയൂരിൽ രണ്ട് ആരാധനാസ്ഥലങ്ങളുണ്ട്. ഇക്കര കൊട്ടിയൂരും അക്കര കൊട്ടിയൂരും. അക്കര കൊട്ടിയൂരാണ് മൂലസ്ഥാനം. തിരുവഞ്ചിറ എന്ന ജലാശയത്തിലെ രണ്ടു ശിലകളാണ് മൂലസ്ഥാനം. ഇടവത്തിലെ ചോതി മുതൽ മിഥുനത്തിലെ ചോതി വരെ മാത്രമേ ഇവിടെ പൂജയുള്ളൂ. ബാക്കി മാസങ്ങളിൽ ഇക്കര കൊട്ടിയൂർ ക്ഷേത്രത്തിലാണ് ഈശ്വര സാന്നിദ്ധ്യം.
ദക്ഷയാഗം നടന്ന സ്ഥലമാണ് കൊട്ടിയൂർ എന്നാണ് വിശ്വാസം. സതി ദേഹത്യാഗം ചെയ്ത സ്ഥലത്ത് ശിവൻ സ്വയംഭൂവായി അവതരിച്ചു എന്നാണ് വിശ്വാസം.
പരശുരാമനുമായി ബന്ധപ്പെട്ടുമുണ്ട് മറ്റൊരു ഐതിഹ്യം. കടലിൽ നിന്ന് കേരളം വീണ്ടെടുത്ത പരശുരാമൻ കൊട്ടിയൂരിലെത്തി. കലിയും ആർത്തട്ടഹസിച്ച് ഓടിയെത്തി. പരശുരാമൻ കലിയെ ബന്ധിച്ച് മർദ്ദനം തുടങ്ങി. ത്രിമൂർത്തികൾ പ്രത്യക്ഷപ്പെട്ട് കലിയെ കെട്ടഴിച്ചുവിടാൻ ആവശ്യപ്പെട്ടു. താൻ വീണ്ടെടുത്ത ഭൂപ്രദേശത്തു മേലിൽ കലിബാധയുണ്ടാകരുത്. അങ്ങനെ ഉറപ്പ് തന്നാൽ കലിയെ വിട്ടയക്കാമെന്നു പരശുരാമൻ നിബന്ധന വച്ചു. അതിന്റെ ഓർമ്മയ്ക്കായാണ് ഇവിടെ 27 ദിവസത്തെ വൈശാഖോത്സവം നടത്തുന്നത്. ഈ സമയത്ത് ത്രിമൂർത്തികളും ഉത്സവത്തിൽ പങ്കെടുക്കുമെന്നാണ് വിശ്വാസം. ക്ഷേത്രത്തിലെ വൈശാഖോത്സവം ഇന്നത്തെ രീതിയിൽ ചിട്ടപ്പെടുത്തിയത് ശങ്കരാചാര്യരാണ്. കൊട്ടിയൂരപ്പനെ ദർശിച്ചാൽ കലിബാധയുണ്ടാകില്ലെന്ന് ഭക്തജനങ്ങൾ വിശ്വസിക്കുന്നു.