പഴയന്നൂർ ഭഗവതി ക്ഷേത്രത്തിൽ ഉത്സവത്തിനെത്തിയ കൊമ്പൻ പൂവൻ കോഴികളെ കണ്ട് വിരണ്ട സംഭവം ഏറെ ശ്രദ്ധ നേടുകയാണ്. ക്ഷേത്രത്തിലെ ഭക്തരും പരിഭ്രാന്തരായതോടെ കൊമ്പനെ വാഹനത്തിൽ കയറ്റി മടക്കിയയക്കുകയായിരുന്നു. ക്ഷേത്രത്തിലെ പ്രധാന വഴിപാടായ പൂവൻ കോഴികളെ കണ്ട് കൊമ്പൻ ഭയപ്പെടുകയായിരുന്നു.

കാശി പുരാണപുരിയിലെ ഭഗവതിയെ ഭജിച്ച് പഴയന്നൂരിലേക്ക് പുറപ്പെട്ട പെരുമ്പടപ്പ് സ്വരൂപത്തിലെ രാജാവിനൊപ്പം പൂവൻ കോഴിയുടെ രൂപത്തിൽ ഭഗവതി പുറപ്പെട്ടുപോരുകയായിരുന്നു എന്നാണ് വിശ്വാസം. കോഴിയുടെ രൂപത്തിൽ ഭഗവതി എത്തിയതിനാൽ പൂവൻകോഴിയെ നടയ്ക്കൽ പറപ്പിക്കുന്നതും ഊട്ടുന്നതും ക്ഷേത്രത്തിലെ പ്രധാന വഴിപാടായി മാറുകയായിരുന്നു. ഇക്കാരണത്താൽ തന്നെ കോഴി അമ്പലം എന്നും ക്ഷേത്രം അറിയപ്പെടുന്നു. അഞ്ഞൂറോളം വഴിപാട് കോഴികൾ ക്ഷേത്രപരിസരത്തായി വളരുന്നു.

കൊച്ചിൻ ദേവസ്വം ബോർഡിന് കീഴിലുള്ള ക്ഷേത്രത്തിലെ പ്രധാന പ്രതിഷ്ഠകൾ വിഷ്ണുവും ഭഗവതിയുമാണ്. കൊച്ചി രാജവംശത്തിന്റെ പ്രധാന പരദേവതകളിൽ ഒന്നാണ് പഴയന്നൂർ ഭഗവതിയെന്നാണ് വിശ്വാസം. കൊച്ചി രാജകുടുംബത്തിന്റെ ആസ്ഥാനങ്ങളിലൊന്നായിരുന്ന മട്ടാഞ്ചേരി കൊട്ടാരത്തിനകത്താണ് ക്ഷേത്രം സ്ഥിതി ചെയ്യുന്നത്. അന്നപൂർണേശ്വരിയുടെ ഭാവത്തിലാണ് ഭഗവതി ക്ഷേത്രത്തിൽ നിലകൊള്ളുന്നത്. അമ്പലത്തിന്റെ ഉപക്ഷേത്രങ്ങളായി ശിവക്ഷേത്രവും വേട്ടയ്ക്കൊരുമകൻ ക്ഷേത്രവുമുണ്ട്. നിത്യേന അഞ്ച് പൂജകളും മൂന്ന് ശീവേലികളും പഴയന്നൂർ ക്ഷേത്രത്തിൽ നടത്തിവരുന്നു.