തലശ്ശേരിയിലെ സബ് ജഡ്‌ജ് ആയിരുന്ന ദിവാൻ ബഹദൂർ എടവലത്ത് കക്കാട്ട് കൃഷ്‌ണന്റേയും ദേവികുർവേയുടെയും പത്താമത്തെ പുത്രിയായി 1897 നവംബർ നാലാം തീയതി തലശ്ശേരി ചേറ്റംക്കുന്നിലെ ഇടത്തിൽ വീട്ടിലായിരുന്നു ഇ.കെ. ജാനകിയുടെ ജനനം. ഹെർമൻ ഗുണ്ടർട്ടിനെ മലയാളം പഠിപ്പിച്ച ഊരാച്ചേരി ഗുരുനാഥൻമാരുടെ പിൻഗാമി ആയിരുന്നു ജാനകിയുടെ അച്‌ഛൻ. അദ്ദേഹം മലബാർ ഡെപ്യൂട്ടി കളക്‌ടറായും പ്രവർത്തിച്ചിട്ടുണ്ട്. മാത്രവുമല്ല അക്കാലത്ത് അറിയപ്പെട്ടിരുന്ന എഴുത്തുകാരനും സസ്യസ്‌നേഹിയും ആയിരുന്നു. സ്വന്തമായിട്ടുണ്ടായിരുന്ന ഭൂമിയിലെല്ലാം ആവശ്യത്തിലധികം പച്ചപ്പ് നിലനിറുത്താൻ അദ്ദേഹം നന്നേ ശ്രദ്ധിച്ചിരുന്നു.
ഇതു തന്നെയാകണം ജാനകിയിലേക്കും പകർന്നു കിട്ടിയത്. ജാനകി അമ്മാളിന് ഏഴ് സഹോദരന്മാരും അഞ്ചു സഹോദരിമാരും ഉണ്ടായിരുന്നു. വീടിനടുത്തുളള കോൺവെന്റ് സൂളിൽ (സേക്രഡ് ഹാർട്ട്‌ സ്‌കൂൾ) ആണ് ജാനകി തന്റെ വിദ്യാഭ്യാസം പൂർത്തിയാക്കിയത്. ജാനകിക്ക് പത്തുവയസുള്ളപ്പോൾ മൂത്ത സഹോദരനും അച്‌ഛനും മരണപ്പെട്ടു. തുടർന്ന് കുടുംബം സാമ്പത്തികമായി ഏറെ തകർന്നു. അക്കാലത്ത് പതിനഞ്ചു വയസിന് മുമ്പ് പെൺകുട്ടികളുടെ വിവാഹം കഴിപ്പിച്ച് വിടുകയായിരുന്നു നാട്ടുനടപ്പ്. എന്നാൽ, ജാനകി ആ കീ‌ഴ്‌വഴക്കത്തിന് നിന്നുകൊടുത്തില്ല. കുട്ടിക്കാലം മുതലേ പഠിക്കാൻ മിടുമിടുക്കിയായിരുന്നു ജാനകി. പഠിക്കണമെന്ന അവളുടെ ദൃഢനിശ്ചയത്തിന് മുന്നിൽ വീട്ടുകാർക്ക് മുട്ടുമടക്കേണ്ടി വന്നു. അങ്ങനെ വിവാഹം എന്ന ചിന്ത തത്കാലത്തേക്ക് മാറ്റി നിറുത്തി മദ്രാസിലെ ക്വീൻ മേരീസിൽ ചേർന്നു. അവിടെ നിന്ന് അണ്ടർ ഗ്രാജുവേഷൻ ചെയ്‌തു.