ശിവഗിരി മഠത്തിലെ ഏറ്റവും പ്രധാനപ്പെട്ട ഒരു അനുഷ്ഠാന പദ്ധതിയാണ് ഗുരുപൂജ. ഗുരുദേവൻ സഃശരീരനായി ശിവഗിരിയിൽ വിശ്രമിക്കുന്ന കാലത്ത് തൃപ്പാദങ്ങളെ ദർശിക്കാൻ ആർത്തരും അവശരും ആലംബഹീനരുമായ ഭക്തജനങ്ങൾ,രോഗികൾ, സാമൂഹിക പ്രവർത്തകർ, വിപ്ലവകാരികൾ എന്നിങ്ങനെ ദിവസവും നൂറുകണക്കിനാളുകൾ വന്നുകൊണ്ടിരുന്നു. വന്നവർക്കെല്ലാം ഭക്ഷണവും മറ്റും നല്കുന്നതിന് വേണ്ട ക്രമീകരണങ്ങൾ ശിവഗിരിയിൽ ഉണ്ടാകണമെന്ന് ഗുരുദേവൻ നിഷ്കർഷിച്ചു. അതിന്റെ ഭാഗമായി ശിവഗിരിയിൽ ആരംഭിച്ചതാണ് ഗുരുപൂജാ സമ്പ്രദായം.

അന്നം ബ്രഹ്മമാണ്. അന്നദാനം പോലെ മഹത്തരമായ മറ്റൊന്നില്ല. സാധാരണക്കാരന്റെ മുൻപിൽ വേദാന്തമായിട്ടല്ല അന്നമായിട്ടാണ് ദൈവം അവതരിക്കുന്നതെന്ന് പറയാറുണ്ട്. ഗുരുവിനെ പൂജിക്കുന്നതിനൊപ്പം അനുഗ്രഹവും നൽകുന്നതാണ് ഗുരുപൂജ. ഗുരുദേവനെ പ്രത്യക്ഷദൈവമായി സ്തുതിച്ചു പൂജിച്ചു പ്രാർത്ഥിക്കുന്നു. പുഷ്പാഞ്ജലി മന്ത്രമാണ് ഈ ഗുരുപൂജയ്ക്ക് ഉപയോഗപ്പെടുത്തുന്നത് . ഗുരുദേവ ശിഷ്യപ്രമുഖനായിരുന്ന ചൈതന്യസ്വാമികൾ എഴുതി തയ്യാറാക്കി ഗുരുദേവനെ വായിച്ചു കേൾപ്പിച്ച് ഗുരുപൂജാ സമ്പ്രദായത്തിന് രൂപവും ഭാവവും കൈവന്നു. ഗുരുദേവനും ബോധാനന്ദസ്വാമിയും മഹാസമാധിയായതിനെ തുടർന്ന് ശിവഗിരി മഠാധിപതിയായി അഭിഷിക്തനായ ഗോവിന്ദാനന്ദ സ്വാമികളുടെ കാലം മുതൽക്കാണ് ഇന്ന് കാണുന്ന ഗുരുപൂജാ സമ്പ്രദായവും ശിവഗിരിയിൽ ആരംഭിച്ചത്.

ഗുരുദേവസ്വരൂപവും ഗുരുപൂജ സമ്പ്രദായവും അക്കാലത്ത് ശിവഗിരിമഠത്തിന്റെ മുഖപത്രമായിരുന്ന ധർമ്മപത്രം വഴി ധർമ്മതീർത്ഥ സ്വാമി പ്രസിദ്ധം ചെയ്തു. അഞ്ചു രൂപ ഗുരുവിന് ദക്ഷിണയായി സമർപ്പിച്ച് ആളുടെ പേരും നാളും പറഞ്ഞ് പൂജ നടത്തി വരുന്നവർക്കെല്ലാം അന്നദാനം നടത്തുക എന്നതായിരുന്നു അന്നത്തെ സമ്പ്രദായം. ഗുരുദേവന്റെ ദിവ്യമായ നാമധേയത്തിൽ വ്യക്തിയുടെ പേരും നാളും പറഞ്ഞ് അവരുടെ ആയുരാരോഗ്യ ഐശ്വര്യഅഭിവൃദ്ധിക്കും ദാരിദ്ര്യ ദുഃഖദുരിത രോഗനിവാരണത്തിന് വേണ്ടിയും ഗുരുപൂജ നടത്തുന്ന സമ്പ്രദായം നിലവിൽ വന്നു.

പണ്ടൊക്കെ ഏതെങ്കിലും ദിവസങ്ങളിലാണ് ഗുരുപൂജ നടന്നിരുന്നതെങ്കിൽ ഇന്നിപ്പോൾ സാധാരണ ദിവസങ്ങളിൽ നാന്നൂറും അഞ്ഞൂറും ഗുരുപൂജകൾ നടക്കാറുണ്ട് . ഞായറാഴ്ച ദിവസങ്ങളിലും മാസംതോറും വരുന്ന ചതയദിനത്തിലുമൊക്കെ അത് ആയിരങ്ങളായി വർദ്ധിക്കാറുണ്ട്. കുട്ടികളുടെ ചോറൂണ്, വിദ്യാരംഭം, ജന്മദിനം, ക്ഷേത്രത്തിലും ഗുരുമന്ദിരങ്ങളിലും ഉത്സവം, മരണാടിയന്തിരങ്ങൾ എന്നിവയ്ക്കായി പ്രത്യേക മഹാഗുരുപൂജയും ശിവഗിരിയിൽ നടത്തി വരുന്നു. ഗ്രാമങ്ങളിൽ ഭക്തന്മാർക്ക് എന്തെങ്കിലും വിഷമമോ ബുദ്ധിമുട്ടോ വന്നാൽ ശിവഗിരിയിൽ പോയി ഒരു ഗുരുപൂജ നടത്താം എന്ന് നേർച്ച നേരുകയും അതുപ്രകാരം മഹാസമാധിപീഠത്തിൽ പൂജ നടത്തുകയും ചെയ്യുന്നു. ഗുരുഭക്തർക്ക് അരിഷ്ടത, ദുഃഖം, ദുരിതം, രോഗം, കഷ്ടപ്പാട് ഒക്കെ വന്നാൽ ശിവഗിരിയിൽ ഗുരുപൂജ നടത്തിക്കോളാം എന്ന് നേർച്ച നേരുകയും അവർ രോഗവിമുക്തരാകുകയും ചെയ്യുന്നു. ശിവഗിരിയിലെത്തുന്ന തീർത്ഥാടകർ ഗുരുപൂജ നടത്തി മൂന്നുനേരവും ഗുരുപ്രസാദം ഭക്ഷണം കഴിച്ച് സംതൃപ്തരായി മടങ്ങുന്നു. 105 വർഷങ്ങൾക്ക് മുൻപാണ് ശിവഗിരി മഠം ഇത്തരമൊരു ഗുരുപൂജാ സമ്പ്രദായത്തെയും അന്നദാന സമ്പ്രദായത്തെയും നടപ്പിലാക്കിയത്. തീർത്ഥാടനകാലത്ത് ശിവഗിരിയിൽ എത്തിച്ചേരുന്ന ഭക്തജനങ്ങൾ ഗുരുദേവന്റെ തിരുനാമധേയത്തിൽ ഈ മഹാഗുരുപൂജ നടത്താൻ അണിചേരണമെന്ന് ഉദ്ബോധിപ്പിക്കുന്നു.