വളരെയേറെ പ്രത്യേകതകളുള്ള ക്ഷേത്രമാണ് മലയാലപ്പുഴ ഭഗവതി ക്ഷേത്രം. ഇവിടെയെത്തി ആത്മാർത്ഥമായി പ്രാർത്ഥിച്ചാൽ ആഗ്രഹിക്കുന്നതെല്ലാം നടക്കുമെന്നാണ് വിശ്വാസം. അച്ചക്കണ്ണാമല, ഉപ്പിടുംപാറമല, ഊട്ടുപാറമല, ചെറുകുന്നത്തുമല, പുലിപ്പാറമല എന്നീ അഞ്ച് മല ദൈവങ്ങളുടെ മദ്ധ്യത്തിലാണ് ദേവി കുടികൊള്ളുന്നത്. മംഗല്യഭാഗ്യം ഉണ്ടാകാൻ പട്ടുസാരിയും മുണ്ടും നേര്യതും മുതലായവ ദേവിയ്‌ക്ക് സമർപ്പിച്ചാൽ മതി.
പത്തനംതിട്ട നഗരത്തിൽ നിന്ന് ഒമ്പത് കിലോമീറ്റർ അകലെയാണ് ക്ഷേത്രം സ്ഥിതിചെയ്യുന്നത്. ഇവിടെ മുഖ്യപ്രതിഷ്‌ഠ മൂകാംബികാ ദേവിയാണെങ്കിലും രൂപത്തിൽ ഭദ്രകാളിയോടാണ് സാമ്യം. പാർവതി ദേവിയുടെ ഉഗ്രമൂർത്തി ഭാവമാണ് മലയാലപ്പുഴയമ്മ. ദേവിയുടെ വിഗ്രഹം കടുശർക്കരായോഗം എന്ന അത്യപൂർവമായ ആയുർവേദ ഔഷധക്കൂട്ടുകൊണ്ട് നിർമിച്ചതാണെന്നാണ് വിദഗ്ദ്ധർ പറയുന്നത്.
മൂകാംബികയിൽ ഏറെനാൾ ഭജനമിരുന്ന രണ്ട് നമ്പൂതിരിമാരുടെ കൈവശമുണ്ടായിരുന്ന വിഗ്രഹമാണിതെന്നാണ് ഐതീഹ്യം. ഈ വിഗ്രഹത്തിൽ ചൈതന്യം ഉണ്ടായതോടെ പ്രതിഷ്‌ഠ നടത്താൻ ഇവ‌ർ തീരുമാനിച്ചു. കൊല്ലൂർ ദേശത്തിന് സമാനമായ സ്ഥലം അന്വേഷിച്ചിറങ്ങിയ ഇവ‌ർ ഒടുവിൽ മലയാലപ്പുഴയിൽ എത്തിച്ചേർന്നുവെന്നും അവിടെ വിഗ്രഹം പ്രതിഷ്‌ഠിച്ചുവെന്നുമാണ് ഐതീഹ്യം. പിന്നീട് അക്കാലത്തെ പ്രമാണിയായ തേറമ്പിൽ കാരണവർ ആണ് ഇപ്പോൾ കാണപ്പെടുന്ന ക്ഷേത്രം പണികഴിപ്പിച്ചതെന്നും വിശ്വാസമുണ്ട്.